北海竹林盐场极端嗜盐真菌的多样性及其抑菌活性研究
李海艳, 陆春菊, 张耿思, 周冬梅, 苏志维, 高程海, 徐新亚, 刘永宏     
广西中医药大学海洋药物研究院,广西南宁 530200
摘要: 为探讨北海竹林盐场极端嗜盐真菌的物种多样性及其抑菌活性,采用高盐培养基分离盐场饱和盐度采样点的可培养真菌,并基于ITS基因序列进行菌株鉴定;使用耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis,SE)、无乳链球菌(Streptococcus agalactiae,SA)和海豚链球菌(Strepstococcus iniae,SI)作为指示菌,利用96孔板法评价真菌发酵提取物的抑菌活性。本研究分离得到可培养极端嗜盐真菌16株,鉴定为6科6属12种,其中枝孢菌属(Cladosporium,3种)、黑孢霉属(Nigrospora,3种)和镰刀菌属(Fusarium,3种)是优势属。菌株F.incarnatum GXIMD00527和F.chlamydosporum GXIMD00541的发酵产物对4种指示菌有较强的抑菌活性[90% Minimal Inhibitory Concentration (MIC90) < 6.25 μg/mL],Alternaria alternata GXIMD00532、Cladosporium cladosporioides GXIMD00533和Curvularia hawaiiensis GXIMD00538的发酵产物对MRSA有抑菌活性(MIC90≤25 μg/mL)。本研究丰富了广西嗜盐海洋真菌的物种多样性,为北部湾海洋微生物资源的开发利用奠定了基础。
关键词: 极端嗜盐真菌    生物多样性    抑菌活性    北海竹林盐场    耐甲氧西林金黄色葡萄球菌    
Diversity and Antibacterial Activity of Extremely Halophilic Fungi from Beihai Zhulin Salt Field
LI Haiyan, LU Chunju, ZHANG Gengsi, ZHOU Dongmei, SU Zhiwei, GAO Chenghai, XU Xinya, LIU Yonghong     
Institute of Marine Drugs, Guangxi University of Chinese Medicine, Nanning, Guangxi, 530200, China
Abstract: In order to investigate the species diversity and antibacterial activity of extremely halophilic fungi in Beihai Zhulin Salt Field, high salt medium was used to isolate culturable fungi from saturated salinity sampling points in salt field, and the strains were identified based on ITS gene sequence. Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA), Staphylococcus epidermidis (SE), Streptococcus agalactiae (SA) and Strepstococcus iniae (SI) were used as indicator bacteria to evaluate the antibacterial activity of fungal fermentation extracts by 96-well plate method. In this study, 16 strains of culturable extreme halophilic fungi were isolated and identified as 12 species, 6 genera and 6 families. Among them, Cladosporium (3 species), Nigrospora (3 species) and Fusarium (3 species) were the dominant genera. The fermentation products of F.incarnatum GXIMD00527 and F.chlamydosporum GXIMD00541 had strong antibacterial activity against four indicator bacteria (90% Minimal Inhibitory Concentration, MIC90 < 6.25 μg/mL). The fermentation products of Alternaria alternata GXIMD00532, Cladosporium cladosporioides GXIMD00533 and Curvularia hawaiiensis GXIMD00538 had antibacterial activity against MRSA (MIC90≤25 μg/mL). This study enriches the species diversity of halophilic marine fungi in Guangxi and lays a foundation for the development and utilization of marine microbial resources in Beibu Gulf.
Key words: extremely halophilic fungi    biodiversity    antibacterial activity    Beihai Zhulin Salt Field    MRSA    

高浓度的结晶盐类(NaCl)会限制微生物生长,通常认为极端的高盐环境如盐田、盐湖或高浓度盐溶液食物中只存在原核生物。直到2000年左右,Buchalo等[1]和Gunde-Cimerman等[2]从高盐环境中分离得到真菌之后,高盐生态系统及其真菌物种多样性才引起人们的注意。具有代表性的高盐生态系统有美国大盐湖,以色列、巴勒斯坦、约旦交界处的死海,以及中国新疆、青海、内蒙古等地的盐湖等[1, 3]。生存在深海沉积物、盐湖、盐田、盐土和海水等高盐环境中的微生物统称嗜盐微生物。陈星宇等[4]根据不同盐度下的生长情况,把微生物划分为不同类型:非嗜盐菌(< 1.17% NaCl)、轻度嗜盐菌(1.17%-2.93% NaCl)、中等嗜盐菌(2.93%-14.63% NaCl)、极端嗜盐菌(14.63%-30.40% NaCl)、耐盐菌(1.17%-14.63% NaCl)。我国已报道的常见嗜盐真菌有青霉属(Penicillium)[5, 6]、曲霉属(Aspergillus)[5, 6]、镰刀菌属(Fusarium)[7, 8]、枝孢属(Cladosporium)[7, 8]等类群。我国有绵延的海岸线,大多地势平坦,滩涂广阔,很适合建滩晒盐。因此,北起辽东半岛,南至海南岛,我国分布有大大小小超过1 000个盐湖/盐场。但是,我国高盐环境下的微生物多样性研究关注度还不足,相关研究仍然较少。

嗜盐耐盐真菌次生代谢产物丰富,包括酚类[9]、甾醇类[9]、核酸类[10]、醌类[10]、生物碱[11]等单体化合物,这些化合物结构新颖,且部分具有良好的抗菌、抗肿瘤活性等。在研究耐盐真菌P.chrysogenum HK14-01的次生代谢产物中,曲鹏等[12]发现化合物(2S, 3R)-oxaline、(Z)-N-(4-hydroxystyryl) formamide和(E)-N-(4-hydroxystyryl) formamide对大肠杆菌(Escherichia coli)表现出抑菌活性,化合物(2S, 3R)-oxaline和emodin对金黄色葡萄球菌(Staphyloccocus aureus)表现出抑菌活性,化合物emodin还能微弱地抑制小鼠白血病悬浮细胞(P388)的增殖。对于耐盐真菌Wallemia sebi PXP-89,Peng等[11]发现其次生代谢产物对产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes)具有抗菌活性,最小抑菌浓度为76.7 μmol/L。刘培培等[13]从内蒙古盐湖的沉积物中筛选出一株耐盐真菌Aspergillus variecolor B-17,其具有明显的细胞毒活性(小鼠乳腺癌细胞株tsFT210)和海虾(Artemia salina Leach)致死活性;从该菌发酵产物的石油醚层提取物中分离出的3个单体化合物[2-(E-1-庚烯基)-3, 6-二羟基-5-(3-甲基-2-丁烯基)苯甲醛、2-庚基-3, 6-二羟基-5-(3-甲基-2-丁烯基)苯甲醛、2-(E, E-3, 5-庚二烯基)-3, 6-二羟基-5-(3-甲基-2-丁烯基)苯甲醛],对P388、A549、HL-60和BEL-7402肿瘤细胞表现出弱的细胞增殖抑制活性,半抑制浓度IC50值分别为88、68、66、65 μmol/L,9、99、110、84 μmol/L以及77、147、93、203 μmol/L。

北海竹林盐场是广西最大的海晶盐生产基地,制盐历史悠久。陈显强等[14]于2019年5月从北海竹林盐场的海盐田中分离得到26株嗜盐真菌,鉴定为3科4属11种,其中青霉菌属菌株为优势菌群;菌株Epicoccum sorghinum GXIMD02001具有靶向FGFR2抗肿瘤作用,Aspergillus versicolor GXIMD02004和Penicillium citrinum GXIMD02009等具有抑制乳腺癌细胞增殖的作用。为研究冬季北海海盐田嗜盐真菌的物种多样性,本课题组于2020年11月底从广西北海竹林盐场的饱和盐水区域采集样品,采用两种高盐培养基——高盐虎红培养基和高盐马铃薯葡萄糖培养基进行菌株筛选分离;同时,使用4种致病菌[耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(Methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)、表皮葡萄球菌(Staphylococcus epidermidis,SE)、无乳链球菌(Streptococcus agalactiae,SA)和海豚链球菌(Strepstococcus iniae,SI)]作为指示菌,对嗜盐真菌发酵提取物的抗菌活性进行评价,从而得到具有潜在抗菌活性的菌株,为北部湾嗜盐真菌资源的开发利用奠定基础。

1 材料与方法 1.1 材料 1.1.1 培养基

培养基均经121 ℃高温高压灭菌30 min后使用,配方如下。

(1) 分离培养基

高盐虎红培养基(RBM):蛋白胨5.0 g,葡萄糖10.0 g,KH2PO4 1.0 g,MgSO4 0.5 g,孟加拉红0.033 g,琼脂粉15.0 g,氯霉素0.1 g,含10%海盐的人工海水1 000 mL。

高盐查氏琼脂培养基(CDA):NaNO3 3.0 g,K2HPO4 1.0 g,MgSO4·7H2O 0.5 g,KCl 0.5 g,FeSO4 0.01 g,蔗糖30.0 g,琼脂粉15.0 g,氯霉素0.1 g,含10%海盐的人工海水1 000 mL。

(2) 纯化培养基

高盐马铃薯葡萄糖琼脂培养基(PDA):马铃薯提取粉6.0 g,葡萄糖20.0 g,琼脂粉15.0 g,含10%海盐的人工海水1 000 mL。

(3) 发酵培养基

高盐马铃薯葡萄糖培养基(PD):马铃薯提取粉6.0 g,葡萄糖20.0 g,含10%海盐的人工海水1 000 mL。

1.1.2 采样信息

2020年11月27日在广西北海竹林盐场选取6个饱和盐度的采样点进行采样(表 1),采集的样品放入无菌袋中,无菌袋放入装有冰袋的隔温箱里带回实验室,当天进行菌株分离。

表 1 采样地点坐标以及样品来源 Table 1 Coordinates of sampling locations and sources of samples
序号
Serial number
北纬
Northern latitude
东经
East longitude
样品来源
Sample source
1 21°26′35″ 109°16′22″ Salt field drainage pool water
2 21°26′35″ 109°16′22″ Sediments of salt drainage ponds
3 21°26′35″ 109°16′23″ Salt field water
4 21°26′35″ 109°16′23″ Sediments of salt field
5 21°26′35″ 109°16′23″ Sediments of salt field ditch
6 21°26′35″ 109°16′23″ Salt field ditch water

1.1.3 指示菌

指示菌包括两种人类致病菌——耐甲氧西林金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌,两种水产养殖致病菌——无乳链球菌和海豚链球菌,均由华南农业大学海洋学院张晓勇副教授惠赠。

1.2 方法 1.2.1 真菌分离

沉积物样品取约2 g,加入2 mL无菌水,研磨混匀,即为样品原液;水池水/盐田水直接作为样品原液。用无菌海水将样品原液稀释成1∶10、1∶100的样品悬液。各取100 μL两种浓度样品悬液涂布于分离培养基中,置于25 ℃恒温培养箱培养12 d。用灭菌竹签挑取形态不同的单菌落接种于PDA培养基上,纯化菌株。

1.2.2 真菌鉴定

在超净工作台中从培养平板上刮取一定量的菌丝体和孢子,放入无菌的1.5 mL离心管中。离心管中加入0.2% NaOH溶液,沸水浴5 min,-80 ℃条件下冷冻10 min。取破壁后的菌液进行PCR扩增,扩增体系为25 μL,其中模板DNA 0.5 μL,Buffer(含Mg2+) 2.5 μL,dNTP 1 μL,Easy taq酶0.2 μL,引物ITS1和ITS4各0.5 μL,ddH2O补足至25 μL。PCR扩增程序:预变性94 ℃ 4 min;94 ℃ 45 s,55 ℃ 45 s,72 ℃ 1 min,30个循环;修复延伸72 ℃ 10 min;终止反应4 ℃ 10 min。取5 μL扩增产物使用1%琼脂凝胶电泳检验,并用Bio-RDS凝胶成像仪观察电泳结果。将有荧光反应的PCR扩增产物进行ITS-rDNA测序。所有ITS测序结果使用Seqman软件分析剪切,之后将剪切后的ITS序列上传至NCBI核酸序列数据库与已知序列进行比对,选择相似性高的序列进行分析。使用MEGA-7软件,采用邻接法(Neighbor-Joining,N-J)构建系统发育树。将形态学观察结果与序列对比结果相结合进行分类、排重,将具有代表性的真菌ITS序列上传到GenBank,获取登录号。

1.2.3 菌株发酵提取物的制备

将纯培养所得菌株接种于PD培养基中,28 ℃、180 r/min振荡培养7 d。将等体积乙酸乙酯加入真菌PD培养基中,40 kHz超声提取20 min,真空抽滤,静置分层并弃去水层,将乙酸乙酯层减压浓缩后得到提取物。使用二甲基亚砜(Dimethyl Sulfoxide,DMSO)作为助溶剂,将提取物溶解成1.28 mg/mL的药液,备用。

1.2.4 抑菌活性的测定

采用96孔板法测定菌株发酵提取物对MASA、SE、SA和SI 4种指示菌的抑菌活性[15]。活化后的指示菌接种于LB培养基,30 ℃、180 r/min振荡培养至对数生长期,调整指示菌悬液浓度为1×106 CFU/mL。96孔板中加入195 μL指示菌悬液,再加入5 μL药液,混匀,使用二倍稀释法将药液稀释。每个孔混匀密封后,于37 ℃培养箱中培养24 h,使用酶标仪于600 nm处测定OD值。青霉素G和氯霉素为两种阳性对照,初浓度都为1 mg/mL,同时设置阴性对照(DMSO)和空白对照(LB培养基)。每个样品设置3个平行样,样品抑菌活性结果用最小抑菌浓度表示,最小抑菌浓度为抑制90%受试菌所需要的最低药物浓度(90% Minimal Inhibitory Concentration,MIC90)。抑制率(%)=(阴性对照吸光值-样品吸光值)/阴性对照吸光值×100%。

2 结果与分析 2.1 可培养真菌的分离结果

对采集的饱和盐度样品进行分离纯化,得到16株可培养极端嗜盐真菌,1至6号采样地点菌株数量分别为2、6、0、4、3、1株。其中,在盐田排水池沉积物中分离得到的真菌数量最多。

2.2 可培养真菌的多样性

从竹林盐场中分离得到16株真菌,根据菌落形态特征差异进行分类后,对其中12株具有代表性的真菌进行DNA提取和PCR扩增,将菌株的ITS序列经BALST比对,找到与其相似度达97%以上的匹配序列。比对检索结果得到12种极端嗜盐真菌,分属于6科6属,其中丛梗孢科(Moniliaceae)枝孢菌属(Cladosporium)3种,黑粉菌科(Ustilaginaceae)黑孢霉属(Nigrospora)3种,瘤座孢科(Tuberculariaceae)镰刀菌属(Fusarium)3种,格孢腔菌科(Pleosporaceae)链格孢属(Alternaria)1种,暗色孢科(Dematiaceae)弯孢属(Curvularia)1种,隔孢假壳科(Didymosphaeriaceae)Paraphaeosphaeria属1种(表 2图 1)。

表 2 基于ITS序列分析鉴定的北海竹林盐场真菌 Table 2 Fungus identification of Beihai Zhulin Salt Field based on ITS sequence analysis
序号
Serial number
菌株编号
Strain number
最相近菌株(BLAST)
Closest strain (BLAST)
相似度/%
Similarity/%
GenBank登录号
GenBank accessing number
1 GXIMD00527 Fusarium incarnatum 99.44 ON287016
2 GXIMD00528 Fusarium sp.LD-12 100.00 ON287017
3 GXIMD00529 Paraphaeosphaeria sp.QTYC50 100.00 ON287018
4 GXIMD00531 Nigrospora oryzae 99.80 ON287019
5 GXIMD00532 Alternaria alternata 99.81 ON287020
6 GXIMD00533 Cladosporium cladosporioides 100.00 ON287021
7 GXIMD00534 Cladosporium dominicanum 100.00 ON287022
8 GXIMD00535 Cladosporium oxysporum 99.80 ON287023
9 GXIMD00536 N.sphaerica 99.22 ON287024
10 GXIMD00538 Curvularia hawaiiensis 99.22 ON287025
11 GXIMD00540 Nigrospora sp.JS3 99.61 ON287026
12 GXIMD00541 F.chlamydosporum 99.44 ON287027

图 1 基于N-J法构建的系统发育树 Fig. 1 Phylogenetic tree based on the N-J method

2.3 抑菌活性结果

真菌发酵提取物抗MASA、SE、SA和SI活性结果如表 3所示,其中F.incarnatum GXIMD00527的发酵提取物对4种指示菌都具有极强的抑菌活性(MIC90 < 3.125 μg/mL),其活性作用与阳性对照氯霉素相当;真菌F.chlamydosporum GXIMD00541发酵提取物对4种指示菌的抑菌活性较好(MIC90 < 6.25 μg/mL);真菌Alternaria alternata GXIMD00532、Cladosporium cladosporioides GXIMD00533、Curvularia hawaiiensis GXIMD00538发酵产物对MRSA有一定的抑菌活性(MIC90≤25 μg/mL),对其他3种指示菌表皮葡萄球菌、海豚链球菌和无乳链球菌抑菌活性较弱(MIC90>25 μg/mL)。

表 3 真菌发酵产物的乙酸乙酯提取物的抑菌活性 Table 3 Antibacterial activity of ethyl acetate extracts of fungal fermentation products 
Unit: μg/mL
菌株编号
Number of strain
MIC90
耐甲氧西林金黄色葡萄球菌
MRSA
表皮葡萄球菌
SE
无乳链球菌
SA
海豚链球菌
SI
GXIMD00527 < 3.125 < 3.125 < 3.125 < 3.125
GXIMD00532 25 >25 >25 >25
GXIMD00533 25 >25 >25 >25
GXIMD00538 12.5 >25 >25 >25
GXIMD00541 < 6.25 < 6.25 < 6.25 < 6.25
Chloramphenicol < 3.125 3.125 3.125 3.125
Penicillin < 0.781 25 < 0.781 25 1.562 5 >25
Note: chloramphenicol and penicillin are positive controls.

3 讨论

为了研究北海竹林盐场极端嗜盐真菌的物种多样性,本课题组于2020年11月在广西北海竹林盐场饱和盐度采样地采集样品,分离得到可培养极端嗜盐真菌16株,鉴定为6科6属12种。陈显强等[14]从2019年5月采集的北海竹林盐场海盐田样品中分离得到26株嗜盐真菌,鉴定为3科4属11种,其中青霉菌属和曲霉属为优势种属,占比分别达到55%和27%。本研究所得嗜盐真菌物种与陈显强等[14]的报道相比,两者均分离得到链格孢属(Alternaria)菌株。但不同的是,本研究分离得到的极端嗜盐真菌物种更丰富,并且优势种属不同,为枝孢菌属(3种)、黑孢霉属(3种)、镰刀菌属(3种)。上述结果表明,不同季节的北海竹林盐场极端嗜盐真菌物种多样性不同。在培养基不变的条件下,增加采样季节,可以更系统地研究北海海盐田极端嗜盐真菌的物种多样性。

本研究发现两株抗菌活性显著的镰刀菌属真菌F.incarnatum GXIMD00527和F.chlamydosporum GXIMD00541。镰刀菌属真菌广泛分布于土壤和有机体内,研究者从不同地域、样品中分离、鉴定出大量的镰刀菌属真菌[16]。该属真菌常常产生有毒物质,如镰刀属真菌毒素会污染食物或牲畜饲料,引发人类或动物的疾病[17]。镰刀菌属真菌除了产生有毒物质外,还拥有较为丰富的次生代谢产物,如生物碱、肽类、酰胺类、萜类、醌类、吡喃酮等,这些代谢产物具有抗肿瘤、抗菌等活性,因此该属真菌具有探索天然活性代谢产物的价值[18]

嗜盐真菌为了适应极端环境,进化出了特殊的代谢途径。长期生存在高盐环境下,嗜盐真菌有着与普通环境中真菌不一样的生理特性:高盐环境中的Na+对嗜盐真菌细胞膜的结构稳定、细胞壁的结构完整和功能起着重要的作用。此外,嗜盐真菌细胞存在质膜、色素、H+泵、酶,使得嗜盐真菌具有在高盐极端环境下生存的能力[1]。特殊的生理机制造就了嗜盐真菌次生代谢产物丰富、结构新颖、活性优良的特点。本研究中镰刀菌属嗜盐真菌F.incarnatum GXIMD00527、F.chlamydosporum GXIMD00541的乙酸乙酯粗提物具有极好的抑菌活性,目前的研究仅仅局限于粗提物的活性测定,今后将以抑菌活性为导向,探讨两株镰刀菌属嗜盐真菌的具体活性成分。

4 结论

本研究分离得到可培养极端嗜盐真菌16株,鉴定为6科6属12种。枝孢菌属、黑孢霉属、镰刀菌属、弯孢属、Paraphaeosphaeria属为首次从北海竹林盐场中分离得到,丰富了北海竹林盐场嗜盐真菌的物种多样性。本研究考察了北海竹林盐场嗜盐真菌的抑菌活性,其中镰刀菌属真菌F.incarnatum GXIMD00527、F.chlamydosporum GXIMD00541的发酵产物对4株测试细菌均表现出显著的抑菌活性,后续可进一步扩大发酵研究,探究其活性成分。本研究丰富了嗜盐真菌的物种多样性,为北部湾嗜盐真菌资源的进一步开发利用提供了菌种支持。

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